La flora, por su parte, es igualmente singular y variada. Alcanza su mayor profusión en las zonas bajas y cercanas al río, donde el aire cálido y benigno permite el desarrollo de numerosas especies de cactus.

La belleza particular de cada especie ha hecho que sean nombradas de manera especial por los pobladores del valle, contamos así con chiri–chiris, cojines de suegra, corotillas, cabezas de cholo, y la abundante tuna, fruto del nopal. Aquí también se congregan arbustos de coloridas flores como la cantuta, el chillko, la chinchircuma, y la sullun sullu.

Ascendiendo por las empinadas laderas, el clima se hace cada vez más seco y frío, limitando de esta forma el desarrollo de las plantas con flores, y favoreciendo de igual manera la propagación de pastos naturales como el ichu, la chiliwaa y la pilli–pilli. Entre ellos alternan bosquecillos aislados de quishuar y vastos tolares, empleados masivamente para la obtención de energía en los hornos pueblerinos. Las alturas sobre los 4000 metros son hábitat por excelencia de los queñuales y pastos más rústicos. Allí también subsisten los bofedales, áreas pantanosas en las que prolifera la kunkuna a manera de cojines siempre verdes. El techo de los Andes está reservado para la yareta, una extraordinaria planta que crece en colonias compactas sobre las rocas, a 5000 metros de altura. Aplanada para sobrellevar los fuertes vientos helados y cubierta de cera para evitar la pérdida de agua por evaporación, la yareta ha logrado sobrevivir allí donde solo los líquenes nos recuerdan que la vida puede hacerse presente junto al cielo. El precio, sin embargo, es alto, puesto que debe crecer al increíble ritmo lento de un milímetro al año. El Colca es un valle singular. Una joya natural donde el hombre ha aprendido a vivir de forma armoniosa con su entorno. Un laboratorio de vida, donde se puede observar lo mejor de la flora y fauna alto andina, y un paraíso para los aventureros y amantes de los grandes paisajes. Pero, sobre todo, el Colca es un recordatorio del enorme poder de las montañas y de la grandeza de nuestro rico pasado prehispánico.