Ubicado en el complejo arquitectónico de San Francisco, de estilo neoclásico, cuenta con 10 salas que ofrecen una amplia colección de la historia arequipeña. Se muestran las culturas prehispánicas-regionales; arquitectura barroca colonial; muestras fotográficas y objetos del Combate del 2 de mayo y Guerra del Pacífico; obras de pintores como Luis Palao y los hermanos Núñez Ureta, entre otros. Alberga  una galería de arequipeños ilustres.