El Convento fue diseñado por el padre Pedro de Peñaloza en 1648, tres años después ya estaba lista una iglesia y dos claustros. El conjunto arquitectónico tiene cuatro claustros de sillar y desde 1978 funciona como museo. Cuenta con una biblioteca de cerca de 25 mil volúmenes que datan de los siglos XVI, XVII y XVIII. Además, tiene una sala etnográfica, otra de arte religioso, un museo Amazónico que contiene piezas que los misioneros recogieron durante su permanencia en la selva peruana, una sala de juguetes, un museo de Arte Precolombino y otro de Arte Religioso. El convento está integrado al nuevo circuito cultural de la ciudad además de una nueva sala numismática y presume de bellos jardines y un viejo cementerio.