El clima de la costa de Arequipa es árido y semi cálido en verano y húmedo con pocas precipitaciones en invierno, con una temperatura promedio de 19ºC. Se encuentra influenciado por la corriente del Humboldt la cual posee aguas templadas que oscilan entre los 15ºC a 17ºC en verano y entre los 13ºC a 14ºC en invierno. En el mar frente a Arequipa se presentan zonas de afloramientos o surgencias, denominando así a fenómenos donde el agua fría, con bajo contenido de oxígeno y un alto contenido de nutrientes emerge hacia la superficie muy cerca al borde costero a profundidades menores a 100 m, los afloramientos son esenciales para el desarrollo del fitoplancton y plantas acuáticas, creando las bases para una elevada productividad, lo cual ha conllevado a que el área marina de la región sea rica en términos de biomasa y diversidad, las zonas donde se producen estos afloramiento se sitúan en Atico (Caravelí) y en Mollendo (Islay).
Las características anteriormente descritas permiten la existencia de una gran variedad de ambientes en donde encontramos terrenos llanos, cuencas secas, valles costeros, humedales, quebradas, acantilados, ensenadas, puntas, islotes, playas arenosas y rocosas; los cuales albergan una gran diversidad de especies.
Las zonas de mayor diversidad de especies en la porción terrestre las encontramos principalmente en las lomas costeras como las “Lomas de Atiquipa” y en los humedales como el “Santuario Nacional Lagunas de Mejía”, ambas áreas naturales protegidas; entre ambos se reportan aproximadamente: más de 100 especies de flora, más de 200 especies de aves, 27 especies de mamíferos; 13 especies entre anfibios y reptiles.
En la porción marina en las playas rocosas y arenosas y en el mar, encontramos 17 especies de mamíferos marinos de los cuales 14 son cetáceos; 2 especies de reptiles; 30 especies de macro algas, aproximadamente 80 especies de peces costeros, y más de 180 especies de macro invertebrados marinos entre moluscos, crustáceos, equinodermos, celentéreos, anélidos y otros grupos.
En cuanto a especies en peligro de extinción se tienen aproximadamente 20 especies amenazadas que habitan la porción marina entre aves, mamíferos y reptiles; así como 14 especies de cetáceos.
Las playas arenosas son lugares donde la densidad y abundancia superan a la riqueza de especies, en ellas encontramos especies formando bancos como los “muymuy” y antaño especies emblemáticas como las “machas”; son importantes zonas de pesca artesanal debido a que son frecuentadas por cardúmenes de peces como “corvinas”, “lornas”, “coco”, en busca de alimento.
Las playas y fondos rocosos se caracterizan por albergar una gran biodiversidad de especies marinas, ofrecen un substrato propicio donde numerosas especies sésiles de invertebrados se establecen formando comunidades, también son zonas de fijación de algas marinas las cuales forman verdaderas praderas bajo el mar, estos hábitats son únicos y albergan especies que los aprovechan diversamente como zonas de refugio, reproducción, alimentación y asentamiento. En ellos encontramos importantes recursos hidrobiológicos como “chanque”, “lapa”, “erizo” y “pulpo” también peces como “sargo”, “cherlo”, “chino”, “negrillo” entre otros.
Es debido a la gran riqueza de especies que habitan en los fondos rocosos lo que los hace lugares excepcionales para realizar el buceo en todas sus modalidades scuba, y snorkel; en donde se puede apreciar todas estas especies en su hábitat siendo la actividad más recomendable practicar la fotografía submarina debido a que se evita dañar a las especies y depredar las. La extracción de los recursos hidrobiológicos debe ser realizada únicamente por los pescadores artesanales debidamente acreditados y formalizados, respetando las vedas y las tallas comerciales. Asimismo, al visitar las playas se debe evitar el consumo de plásticos de un solo uso debido al gran peligro y efecto nocivo de estos hacia la fauna marina.