El conjunto de San Francisco, fundado en 1552, está constituido por el templo mayor, el convento franciscano, el convento de la tercera orden y el antiguo colegio seráfico. Construido totalmente con sillar, el conjunto destaca por su simplicidad volumétrica y la sobriedad de su arquitectura, que carece de ornamentación.

A raíz del terremoto del 2001 se produjeron importantes daños estructurales en el conjunto. Algunos sectores, como el templo de la Tercera Orden y el Templo Mayor, quedaron al borde del colapso. Esta situación crítica obligó a realizar actuaciones de emergencia para la conservación del conjunto.

El Claustro de la Tercera Orden sufrió daños importantes por el efecto del terremoto de junio del 2001. (Del libro: Proyectos Perú 1990-2011. Programa Patrimonio para el desarrollo)